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GOplot 可视化基因富集分析结果

上图中：X轴是z-score； Y轴是多重矫正后p值的负对数；圈大小展示GO Term下基因数。

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默认展示circ 数据前10个GO Term，通过参数 nsub 调整需要展示的GO Term

chord_dat ()将作图数据构建成GOChord() 要求的输入格式；一个二进制的关系矩阵， 1 表示基因属于该GO Term， 0 与之相反。

nlfc = 1 ：颜色对应logFC

nlfc = 0 ：颜色对应每个基因注释了到了几个GO Term

GOplot by Wencke Walter

[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle

查看GOplot内示例数据的格式，对自己的数据做处理

观察结论：

观察自己的两个数据表：

table.legend 设置为T时会显示表格

本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成，没有用R中的拼图包

go语言postgresql数据库驱动怎么用

PostgreSQL和MySQL比较，它更加庞大一点，因为它是用来替代Oracle而设计的。所以在企业应用中采用PostgreSQL是一个明智的选择。

现在MySQL被Oracle收购之后，有传闻Oracle正在逐步的封闭MySQL,,鉴于此，将来我们也许会选择PostgreSQL而不是MySQL作为项目的后端数据库。

1、驱动

Go实现的支持PostgreSQL的驱动也很多，因为国外很多人在开发中使用了这个数据库。

支持database/sql驱动，纯Go写的

支持database/sql驱动，纯Go写的

支持database/sql驱动，纯Go写的

在下面的示例中我采用了第一个驱动，因为它目前使用的人最多，在github上也比较活跃。

2、实例代码

数据库建表语句：

复制代码

CREATE TABLE userinfo

(

uid serial NOT NULL,

username character varying(100) NOT NULL,

departname character varying(500) NOT NULL,

Created date,

CONSTRAINT userinfo_pkey PRIMARY KEY (uid)

)

WITH (OIDS=FALSE);

CREATE TABLE userdeatail

(

uid integer,

intro character varying(100),

profile character varying(100)

)

WITH(OIDS=FALSE);

复制代码

看下面这个Go如何操作数据库表数据:增删改查

复制代码

package main

import (

"database/sql"

"fmt"

_ "github.com/bmizerany/pq"

)

func main() {

db, err := sql.Open("postgres", "user=astaxie password=astaxie dbname=test sslmode=disable")

checkErr(err)

//插入数据

stmt, err := db.Prepare("INSERT INTO userinfo(username,departname,created) VALUES($1,$2,$3) RETURNING uid")

checkErr(err)

res, err := stmt.Exec("astaxie", "研发部门", "2012-12-09")

checkErr(err)

//pg不支持这个函数，因为他没有类似MySQL的自增ID

id, err := res.LastInsertId()

checkErr(err)

fmt.Println(id)

//更新数据

stmt, err = db.Prepare("update userinfo set username=$1 where uid=$2")

checkErr(err)

res, err = stmt.Exec("astaxieupdate", 1)

checkErr(err)

affect, err := res.RowsAffected()

checkErr(err)

fmt.Println(affect)

//查询数据

rows, err := db.Query("SELECT * FROM userinfo")

checkErr(err)

for rows.Next() {

var uid int

var username string

var department string

var created string

err = rows.Scan(uid, username, department, created)

checkErr(err)

fmt.Println(uid)

fmt.Println(username)

fmt.Println(department)

fmt.Println(created)

}

//删除数据

stmt, err = db.Prepare("delete from userinfo where uid=$1")

checkErr(err)

res, err = stmt.Exec(1)

checkErr(err)

affect, err = res.RowsAffected()

checkErr(err)

fmt.Println(affect)

db.Close()

}

func checkErr(err error) {

if err != nil {

panic(err)

}

}

复制代码

从上面的代码我们可以看到，PostgreSQL是通过$1,$2这种方式来指定要传递的参数，而不是MySQL中的?，另外在sql.Open中的dsn信息的格式也与MySQL的驱动中的dsn格式不一样，所以在使用时请注意它们的差异。

还有pg不支持LastInsertId函数，因为PostgreSQL内部没有实现类似MySQL的自增ID返回，其他的代码几乎是一模一样

GO语言（三十）：访问关系型数据库（上）

本教程介绍了使用 Godatabase/sql及其标准库中的包访问关系数据库的基础知识。

您将使用的database/sql包包括用于连接数据库、执行事务、取消正在进行的操作等的类型和函数。

在本教程中，您将创建一个数据库，然后编写代码来访问该数据库。您的示例项目将是有关老式爵士乐唱片的数据存储库。

首先，为您要编写的代码创建一个文件夹。

1、打开命令提示符并切换到您的主目录。

在 Linux 或 Mac 上：

在 Windows 上：

2、在命令提示符下，为您的代码创建一个名为 data-access 的目录。

3、创建一个模块，您可以在其中管理将在本教程中添加的依赖项。

运行go mod init命令，为其提供新代码的模块路径。

此命令创建一个 go.mod 文件，您添加的依赖项将在其中列出以供跟踪。

注意： 在实际开发中，您会指定一个更符合您自己需求的模块路径。有关更多信息，请参阅一下文章。

GO语言（二十五）：管理依赖项（上）

GO语言（二十六）：管理依赖项（中）

GO语言（二十七）：管理依赖项（下）

接下来，您将创建一个数据库。

在此步骤中，您将创建要使用的数据库。您将使用 DBMS 本身的 CLI 创建数据库和表，以及添加数据。

您将创建一个数据库，其中包含有关黑胶唱片上的老式爵士乐录音的数据。

这里的代码使用MySQL CLI，但大多数 DBMS 都有自己的 CLI，具有类似的功能。

1、打开一个新的命令提示符。

在命令行，登录到您的 DBMS，如下面的 MySQL 示例所示。

2、在mysql命令提示符下，创建一个数据库。

3、切到您刚刚创建的数据库，以便您可以添加表。

4、在文本编辑器的 data-access 文件夹中，创建一个名为 create-tables.sql 的文件来保存用于添加表的 SQL 脚本。

将以下 SQL 代码粘贴到文件中，然后保存文件。

在此 SQL 代码中：

（1）删除名为album表。 首先执行此命令可以让您更轻松地稍后重新运行脚本。

（2）创建一个album包含四列的表：title、artist和price。每行的id值由 DBMS 自动创建。

（3）添加带有值的四行。

5、在mysql命令提示符下，运行您刚刚创建的脚本。

您将使用以下形式的source命令：

6、在 DBMS 命令提示符处，使用SELECT语句来验证您是否已成功创建包含数据的表。

接下来，您将编写一些 Go 代码进行连接，以便进行查询。

现在你已经有了一个包含一些数据的数据库，开始你的 Go 代码。

找到并导入一个数据库驱动程序，该驱动程序会将您通过database/sql包中的函数发出的请求转换为数据库可以理解的请求。

1、在您的浏览器中，访问SQLDrivers wiki 页面以识别您可以使用的驱动程序。

2、使用页面上的列表来识别您将使用的驱动程序。为了在本教程中访问 MySQL，您将使用 Go-MySQL-Driver。

3、请注意驱动程序的包名称 - 此处为github.com/go-sql-driver/mysql.

4、使用您的文本编辑器，创建一个用于编写 Go 代码的文件，并将该文件作为 main.go 保存在您之前创建的数据访问目录中。

5、进入main.go，粘贴以下代码导入驱动包。

在此代码中：

（1）将您的代码添加到main包中，以便您可以独立执行它。

（2）导入 MySQL 驱动程序github.com/go-sql-driver/mysql。

导入驱动程序后，您将开始编写代码以访问数据库。

现在编写一些 Go 代码，让您使用数据库句柄访问数据库。

您将使用指向结构的指针sql.DB，它表示对特定数据库的访问。

编写代码

1、进入 main.go，在import您刚刚添加的代码下方，粘贴以下 Go 代码以创建数据库句柄。

在此代码中：

（3）使用 MySQL 驱动程序Config和FormatDSN类型以收集连接属性并将它们格式化为连接字符串的 DSN。

该Config结构使代码比连接字符串更容易阅读。

（4）调用sql.Open 初始化db变量，传递 FormatDSN。

（5）检查来自 的错误sql.Open。例如，如果您的数据库连接细节格式不正确，它可能会失败。

为了简化代码，您调用log.Fatal结束执行并将错误打印到控制台。在生产代码中，您会希望以更优雅的方式处理错误。

（6）调用DB.Ping以确认连接到数据库有效。在运行时， sql.Open可能不会立即连接，具体取决于驱动程序。您在Ping此处使用以确认 database/sql包可以在需要时连接。

（7）检查来自Ping的错误，以防连接失败。

（8）Ping如果连接成功，则打印一条消息。

文件的顶部现在应该如下所示：

3、保存 main.go。

1、开始跟踪 MySQL 驱动程序模块作为依赖项。

使用go get 添加 github.com/go-sql-driver/mysql 模块作为您自己模块的依赖项。使用点参数表示“获取当前目录中代码的依赖项”。

2、在命令提示符下，设置Go 程序使用的DBUSER和DBPASS环境变量。

在 Linux 或 Mac 上：

在 Windows 上：

3、在包含 main.go 的目录中的命令行中，通过键入go run来运行代码。

连接成功了！

接下来，您将查询一些数据。