go和r语言 go分析r语言

R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换

ID转换用到的是 bitr() 函数，bitr()的使用方法：

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org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型

keytypes() ：keytypes(x)，查看注释包中可以使用的类型

columns() ：类似于keytypes()，针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致

select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函数enrichGO()进行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：

举例：

[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle

查看GOplot内示例数据的格式，对自己的数据做处理

观察结论：

观察自己的两个数据表：

table.legend 设置为T时会显示表格

本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成，没有用R中的拼图包

近几年有哪些编程语言？

现在最流行的计算机语言有：1、JavaJava是广受欢迎的编程语言，90％的财富500强公司都大量使用这一语言。Java那句广为人知的口号“一次编写，处处运行”也体现出Java价值的关键所在—强大的Java虚拟机使得Java具有跨平台兼容性。目前流行的Java职业路径包括后端开发员、大数据开发员，嵌入式系统工程师或安卓开发员，Java的使用频率非常高，以至于我们几乎可以断定它在未来十年甚至更长时间内都不会过时。也就是说，你可以放心，无论是你当前所处的城市，还是遥远的某个地方，都会有大量的Java工作职位，所以，如果你觉得Java方向不错，那么学好Java技术，找到合适的职位指日可待。2、JavaScript根据Stack Over Flow年度调查数据显示，有62.5%的受访者声称自己使用的是 JavaScript。Stack Over Flow的联合创始人Jeff Atwood也是一位知名度很高的编程者，他曾说过：“任何可以用JavaScript编写的应用程序都将用JavaScript来编写。”记住这句话，我们可以肯定的一点是，2018年以及未来的那些年，都不会缺少 JavaScript编程人员的工作机会。JavaScript知识与包括Angular、React、Ember 和 Backbone 等在内的许多前端框架以及Node.js运行时环境相通，让你可以更高效的在后端运行JavaScript。据Stack Over Flow数据统计，2017年流行的前4个框架中，有3个是建立在JavaScript基础之上。3、PythonPython是一种通用语言，现在几乎在任何地方，你都可以找到它，无论是网络应用程序、桌面应用程序、网络服务器，还是机器学习以及媒体工具等。像NASA和谷歌这样的大公司也都使用这一编程语言，Python的发明者Guido van Rossum在谷歌工作了八年的时间，工作主要就是编写Python。Python代码整洁、可读性高，并且结构清晰，适当的缩进并不仅仅是为了美观，而是决定了代码的执行。像Django和Flask等基于Python的Web开发框架已经变得越来越受欢迎。除此之外，该语言还配备了很多高质量的机器学习和数据分析库，包括Scikit-learn和Pandas等。总体来说，Python的职业发展道路非常多样化，对于刚进入编程领域的开发人员来说是一个不错的选择，因为它易于读取，易于理解。值得一提的是，Python是新手友好型语言，即使没有编程基础的人，学习Python，也能做出程序，但在实际工作上，还需要更高的编程基础，才能更好地发挥Python的作用。合肥望江路北大青鸟的Java课程包含了JavaScript技能，所以参加Java培训，获得的是Java和JavaScript两项热门技能，编程基础扎实了，之后学习Python就变得更简单易上手，可谓一举三得。

最难的开发语言

第十名、R语言

R语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R基于S语言的一个GNU计划项目，所以也可以当作S语言的一种实现，通常用S语言编写的代码都可以不作修改的在R环境下运行。R的语法是来自Scheme。

提名词

R语言作者，George Ross Ihaka：在奥克兰大学统计系任副教授，是R语言的最初作者。

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第九名、Python

颁奖词

Python是一种广泛使用的高级编程语言，属于通用型编程语言。作为一种解释型语言，Python的设计哲学强调代码的可读性和简洁的语法。相比于C++或Java，Python让开发者能够用更少的代码表达想法。不管是小型还是大型程序，该语言都试图让程序的结构清晰明了。

提名词

Python语言作者，Guido van Rossum：生于荷兰哈勒姆，计算机程序员，为Python程序设计语言的最初设计者及主要架构师。

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第八名、C语言

颁奖词

C是一种通用的编程语言，广泛用于系统软件与应用软件的开发。C语言具有高效、灵活、功能丰富、表达力强和较高的可移植性等特点。C语言编译器普遍存在于各种不同的操作系统中，例如Microsoft Windows、macOS、Linux、Unix等。C语言的设计影响了众多后来的编程语言，例如C++、Objective-C、Java、C#等。

提名词

C语言作者，Dennis MacAlistair Ritchie：美国计算机科学家。黑客圈子通常称他为“dmr”。他是C语言的创造者、Unix操作系统的关键开发者，对计算机领域产生了深远影响，并与肯·汤普逊同为1983年图灵奖得主。

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第七名、Go

颁奖词

Go（又称Golang）是Google开发的一种静态强类型、编译型、并发型，并具有垃圾回收功能的编程语言。Go的语法接近C语言，但对于变量的声明有所不同。Go支持垃圾回收功能。

提名词

Go语言作者，Robert C. Pike：来自加拿大的程序员，曾经加入贝尔实验室，为 UNIX小组的成员。他与肯·汤普逊共同开发了UTF-8。目前为 google的工程师，参与编程语言 Go与Sawzall的研发工作。

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第六名、JavaScript

颁奖词

JavaScript，通常缩写为JS，是一种高级的，解释执行的编程语言。JavaScript是一门基于原型、函数先行的语言，是一门多范式的语言，它支持面向对象编程，命令式编程，以及函数式编程。它已经由ECMA（欧洲计算机制造商协会）通过ECMAScript实现语言的标准化。它被世界上的绝大多数网站所使用，也被世界主流浏览器（Chrome、IE、Firefox、Safari、Opera）支持。

提名词

JavaScript语言作者，Brendan Eich：美国程序员与企业家，JavaScript主要创造者与架构师，曾任Mozilla公司的首席技术官，并曾短暂担任首席执行官。

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第五名、Objective-C

颁奖词

Objective-C是一种通用、高级、面向对象的编程语言。它扩展了标准的ANSI C编程语言，将Smalltalk式的消息传递机制加入到ANSI C中。目前主要支持的编译器有GCC和Clang（采用LLVM作为后端）。

提名词

Objective-C作者，Brad Cox：美国计算机科学家。于傅尔曼大学主修化学与数学，于芝加哥大学取得数学生物学博士学位。Objective-C主要作者。

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第四名、PHP

颁奖词

PHP（全称：PHP：Hypertext Preprocessor，即“PHP：超文本预处理器”）是开源的通用计算机脚本语言，尤其适用于网络开发并可嵌入HTML中使用。PHP的语法借鉴吸收C语言、Java和Perl等流行计算机语言的特点，易于一般程序员学习。PHP的主要目标是允许网络开发人员快速编写动态页面，但PHP也被用于其他很多领域。

提名词

PHP语言作者，Rasmus Lerdorf：出生于格陵兰岛凯凯塔苏瓦克，是一个丹麦程序员，他拥有加拿大国籍。他也是编程语言PHP的创始人，其中PHP的头两个版本是由他编写的，后来他也参与PHP后续版本的开发。

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第三名、Java

颁奖词

Java是一种广泛使用的计算机编程语言，拥有跨平台、面向对象、泛型编程的特性，广泛应用于企业级Web应用开发和移动应用开发。Java编程语言是个简单、面向对象、分布式、解释性、健壮、安全与系统无关、可移植、高性能、多线程和动态的语言。

提名词

Java语言作者，James Gosling：出生于加拿大，软件专家，Java编程语言的共同创始人之一，一般公认他为“Java之父”。

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第二名、C++

颁奖词

C++是一种使用广泛的计算机程序设计语言。它是一种通用程序设计语言，支持多重编程模式，例如过程化程序设计、数据抽象、面向对象程序设计、泛型程序设计和设计模式等。

提名词

C++语言作者，Bjarne Stroustrup：生于丹麦奥胡斯郡，计算机科学家。他以创造C++编程语言而闻名，被称为“C++之父”。

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第一名、Visual Basic .NET

颁奖词

Visual Basic .NET（VB.NET）是.NET Framework框架下的一种多重编程范式高级语言。Visual Basic .NET属Basic系语言，其语法特点是以极具亲和力的英文单词为基础标识，以及与自然语言极其相近的逻辑表达，有时候你会觉得写VB.NET代码就好像在写英文句子一样，从这个角度来说，VB.NET似乎是最高级的一门编程语言，当然在Basic系语言中VB.NET也确实是迄今为止最强大的一门编程语言。

提名词

Visual Basic .NET作者，Alan Cooper：交互设计的提倡者。库珀有些时候被叫做 Visual Basic 之父，虽然大多数的工作是由微软的内部开发团队完成的，但是对于Windows可视化设计工具的创意是来源于库珀的。

工作主要用go语言和react

Go语言是一种强大的编程语言，可以用于构建高性能、可扩展的Web应用程序。它可以帮助开发人员快速构建高效的Web服务，并且具有良好的性能。React是一个用于构建用户界面的JavaScript库，它使开发人员能够快速构建功能丰富、可交互的Web应用程序。React与Go语言相结合，可以创建出高性能、易于使用的Web应用程序。

【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在。

dotplot这个函数，多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道

同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解