测序质量linux命令 测序数据量计算

linux怎么估算基因组大小

1、基因组大小（Genomesize）是指一个基因组中所拥有的DNA含量，一般以重量计算，单位通常是皮克(10-12克)，写成pg，有时也用道耳吞，或是以核苷酸碱基对的数量表示，单位为百万计，写成Mb或Mbp。不测序没法知道基因组大小的。

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2、基因组越大，杂合度也大，重复片段越大，该物种的组装难度就越大。讨论： 基因组预测大小和参数 Max kmer coverage 密切相关。

3、260和280nm处的消光值，经验数据表明，纯净的核酸溶液A260/A230的消光值比大于或等于0；A260/A280大于或等于80。A260/A280值过小，说明蛋白未脱净；A260/A230过小，说明有杂质（一般为多酚类或色素）。

4、通常使用的单位为pg（10e-12），这个值简称为C-value。通过简单的换算就可以知道大概的碱基的数量。不过，对于已经测序的基因组，直接数数就可以了，如 vihole所述。

5、基因组大小通常以核苷酸碱基对的数量表示，单位为百万计，写成Mb或Mbp。人类基因组由23对染色体（共46个）所构成，每一个染色体皆含有数百个基因。

samtools常用命令

1、samtools还有个非常重要的命令mpileup，以前为pileup。该命令用于生成bcf文件，再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附带的软件，在samtools的安装文件夹中可以找到。

2、当有多个样本的bam文件时，可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。Merge命令将多个已经排序后的bam文件合并成为一个排序的且保持所有输入记录并保持现有排序顺序的bam文件。

3、samtools是常用的对sam/bam文件操作的工具，其中samtools view命令可以实现查看序列、sam-bam文件转换、过滤序列等功能。下面用实际的例子简单介绍个人使用samtools view过程中的一些经验。

4、samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。

5、1 建立索引 建立索引只需在Linux下输入命令：samtools faidx input.fa 这里序列文件为 input.fa，生成的索引文件以 .fai 结尾。

6、最终得到的samtools_result.bcf 是二进制文件，到此完成了call snp的第一步。

计算测序深度和覆盖度

测序深度（depths）指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，简单的说就是测序的数据量大小比上参考基因组/转录组的大小，通常结果用n×来表示。

测序深度=100*200/5000=4 覆盖度=3000/5000=60 测序深度与覆盖度呈正相关。

所谓覆盖度，也可以理解成“有多少基因组区域被覆盖”，一般是一个百分比。比如我们的bam文件在chr1的覆盖度为70%，就表示只有30%的chr1范围内，一条reads也没有。

覆盖度是指测序产出的数据覆盖到目标基因组上的比例，与测序深度相关。以人类基因组测序为例：测序深度=reads数×片段大小（bp）/3000000000。

samtools depth是可以直接统计每个位点的覆盖深度，输出结果包括三列：然后从all_position_depth文件提取出所关心的SNP位点即可：全基因组、全外显子组或者靶向测序计算覆盖度和深度时一定要注意参考序列长度的选择。