TRRUST数据库有什么用

这篇文章主要介绍了TRRUST数据库有什么用，具有一定借鉴价值，感兴趣的朋友可以参考下，希望大家阅读完这篇文章之后大有收获，下面让小编带着大家一起了解一下。

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TRRUST数据库是一个记录转录因子调控关系的数据库，不仅包含转录因子对应的靶基因，也包含了转录因子间的调控关系。目前该数据库只存储了人和小鼠相关的调控信息，而且这些调控关系是通过文本挖掘的方法从文献中整理得到的。

该数据库最新版本为v2,网址如下

http://www.grnpedia.org/trrust/

对于human而言，包含了800种转录因子，8444个调控关系对；对于mouse而言，包含了828种转录因子，6552个调控关系对。

官网提供了人和小鼠的转录因子的列表，以human为例，转录因子列表的链接如下

http://www.grnpedia.org/trrust/data/search_list.human.htm

给出了每个转录因子对应的gene  symbol, Entrez ID等信息，可以用于检索。

通过官网的查询功能，不仅可以查询到转录因子的靶基因targets, 也可以查询到调控该转录因子的其他转录因子，即regulators, 示意图如下

在检索框种输入对应的gene  symbol, 就可以了。如果输入的基因为一个转录因子对应的基因，会同时输出该转录因子的靶基因和调控该转录因子的其他转录因子，也会输出该基因相关的GO, KEGG等功能注释；如果输入的基因不是一个转录因子，则只会输出调控该基因的转录因子。

以转录因子AHR为例，检索结果包含以下几个部分

1. 转录因子对应的靶基因

2.  调控该转录因子的其他转录因子

3. 和AHR具有相同靶基因的其他转录因子

4. 和输入的基因相关的功能或者疾病注释

包含Disease Ontology, Gene Ontology, KEGG pathway三种注释信息。

除了查询功能，该数据库还提供了一种寻找关键的TF的功能，示意如下

输入一系列的基因，比如差异分析得到的差异基因，通过费舍尔精确检验，分析在哪个转录因子中富集，结果示意如下

该数据库可以免费下载，而且提供了tsv格式，方便直观，示意图如下

感谢你能够认真阅读完这篇文章，希望小编分享的“TRRUST数据库有什么用”这篇文章对大家有帮助，同时也希望大家多多支持创新互联，关注创新互联行业资讯频道，更多相关知识等着你来学习!