重庆分公司,新征程启航
为企业提供网站建设、域名注册、服务器等服务
本篇内容介绍了“R语言中ggtree怎么从进化树中挑选子集”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!
坚守“ 做人真诚 · 做事靠谱 · 口碑至上 · 高效敬业 ”的价值观,专业网站建设服务10余年为成都成都石凉亭小微创业公司专业提供成都定制网页设计营销网站建设商城网站建设手机网站建设小程序网站建设网站改版,从内容策划、视觉设计、底层架构、网页布局、功能开发迭代于一体的高端网站建设服务。
已经有了100个物种进化树文件,我想从这个树文件里挑选出10个我感兴趣的物种的进化关系。
treeio
这个R语言包里有一个函数drop.tip()
可以实现,但是他不是直接挑选出来感兴趣的,而是去掉不感兴趣的。
树文件使用treeio包里带的示例文件sample.nwk
nwk<-system.file("extdata","sample.nwk",package="treeio")
library(ggtree)
tree<-read.tree(nwk)
ggtree(tree)+
geom_text2(aes(subset=!isTip,label=node))+
geom_tiplab()
如果我只想看看A/B/C/D/E这些物种之间的关系,就可以去掉非ABCDE这些tips。使用到的是drop.tip()
函数。
两个参数:第一个读进来的数;第二个参数是想要去掉的tips。
reserve_tip<-c("A","B","C","D","E")
to_drop<-tree$tip.label[-match(reserve_tip,tree$tip.label)]
to_drop
tree_reduced<-treeio::drop.tip(tree,to_drop)
ggtree(tree_reduced)+
geom_tiplab()
treeio::write.nexus(tree_reduced,file="../../tree_reduced.nex")
“R语言中ggtree怎么从进化树中挑选子集”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注创新互联网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!