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在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令:
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通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :control L
查看历史(输入过的)命令 :history
先按ESC进入Command模式,然后输入“:wq”,回车就可以保存并退出了。
vi的其他保存/退出命令:
:w 保存;
:w filename 另存为filename;
:wq! 保存并强制退出;
:wq! filename 注:以filename为文件名保存后强制退出;
:q! 强制退出;
:x 保存并退出(仅当文件有变化时保存)
扩展资料:
vi有三种工作模式:命令模式、文本编辑模式和最后行模式。不同工作模式下的操作方法有所不同。
1、命令行模式
该模式是进入vi编辑器后的默认模式。任何时候,不管用户处于何种模式,按下Esc键即可进入命令模式。
在命令模式下,用户可以输入vi命令,用于管理自己的文档。此时从键盘上输入的任何字符都被当做编辑命令来解释。若输入的字符是合法的vi命令,则vi在接受用户命令之后完成相应的动作。但需注意的是,所输入的命令并不回显在屏幕上。若输入的字符不是vi的合法命令,vi 会响铃报警。
2、文本输入模式
在命令模式下输入插入命令i、附加命令a、打开命令o、修改命令c、取代命令r或替换命令s都可以进入文本输入模式。
在该模式下,用户输入的任何字符都被vi当做文件内容保存起来,并将其显示在屏幕上。在文本输入过程中,若想回到命令模式下,按下Esc键即可。
3、末行模式
末行模式也称 ex 转义模式。在命令模式下,用户按:键即可进入末行模式下,此时vi会在显示窗口的最后一行(通常也是屏幕的最后一行)显示一个:作为末行模式的说明符,等待用户输入命令。多数文件管理命令都是在此模式下执行的(如把编辑缓冲区的内容写到文件中等)。
末行命令执行完后,vi 自动回到命令模式。
参考资料:百度百科-vi
1、linux保存并退出命令。
2、linux命令行保存并退出。
3、linux中保存退出和不保存退出的命令。
4、linux退出命令。
1."linux保存并退出命令,为您提供linux保存并退出命令图文信息,先按键盘上面的ESC按键,接着输入冒号,然后再输入wq并回车即可保存退出,另外只输入冒号和q为不保存退出,而输入!q为强制退出,!wq为强制保存退出。
1.如图,vi 文件名,接着按回车即可打开对应的文件,如果没有对应的文件,那么vi命令就会自动创建一个新的。
2.如图,vi打开文件后是命令模式状态,要用i或者a命令才可进入可编辑的状态哟。这里我就按a进入了编辑模式了哦。
3.如图,在编辑模式的情况下敲完内容,这个时候就应该保存文件了。保存文件要按esc,这样就会退回vi的命令模式喔。
4.按完esc后输入冒号(英文的),然后就转换到了末行模式了,末行模式决定是否保存文件。
5.如图所示,末行模式下可以按x来保存,x命令可以保存编辑好的文件哟。
6.也可以用到wq来保存,如果是q!则不保存哦,这点要自己谨记在心,这里我就保存一下vi编写的文件。
7.然后查看,查看用到了cat 文件名哦。
8.如图所示,vi编写的内容可以看到,这表明保存成功。