r语言go.db R语言与金融数据分析

求助，R中GO.db程序包无法安装

若手机安装软件时提示解析包错误，建议： 1.此情况可能是下载的软件安装包不完整，建议您在网络稳定的情况下，重新下载安装。 2.查看手机内存是否充足。 3.检查其他软件是否可以正常安装。 4.可能是由于该软件版本和手机存在兼容性导致无法正常安装，建议查找该软件是否有其他版本，重新下载安装尝试。楼主你好个人见解一般有几种情况： 1，解析包下载的过程中出现了问题，导致解析包出错了。可以尝试重新下载解析包试试，中途尽量保证不要出现暂停或者其他的过程； 2，安装的过程中如果是手机或者SD卡空间不足的时候不知道会不会出现，反正本人没有遇到过，但是为了排除可能，可以看看空间尽量保证够； 3，这个是在上面两条都不行，其实也是经常遇到的，就是版本的问题。就是你的安卓系统的手机版本低了，而安装包需要的版本比较高。比如，个人之前在装猎豹最新版的浏览器的时候就怎么也装不上，后来仔细看了一下版本说明发现猎豹需要最低的Android 4.0/iOS 5.0及以上，而个人的是Android 2.3的版本。 希望和楼主讨论经验。

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R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换

ID转换用到的是 bitr() 函数，bitr()的使用方法：

org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型

keytypes() ：keytypes(x)，查看注释包中可以使用的类型

columns() ：类似于keytypes()，针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致

select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函数enrichGO()进行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：

举例：

R语言安装WGCNA，碰到依赖包无法安装的情况

加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度 协同变化 的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。

相比于只关注差异表达的基因，WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集，并与表型进行显著性关联分析。一是充分利用了信息，二是把数千个基因与表型的关联转换为数个基因集与表型的关联，免去了多重假设检验校正的问题。

以上内容引用的网页：

感觉WGCNA挺合自己脾气的，想安装一下。注定安装不会那么顺利。

安装了WGCNA是在Rstuio上安装的。用命令 install.packages("WGCNA")

执行完命令后，提示信息显示有三个依赖包（‘impute’, ‘preprocessCore’, ‘GO.db’）无法安装。

然后再安装那三个依赖包。

BiocManager::install("impute")，安装impute时，也会安装GO.db包。遇到是否更新其他R包时，选择不更新 n.

library("WGCNA")

Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(j - i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):

不存在叫‘preprocessCore’这个名字的程辑包

然后再安装一下‘preprocessCore’包

BiocManager::install("preprocessCore")

做完以上工作，再执行一下 library("WGCNA").

其中提示信息：载入需要的程辑包：dynamicTreeCut  ；载入需要的程辑包：fastcluster ；载入程辑包：‘fastcluster’    意思是在使用WGCNA时，需要先载入这三个包，并且已经被直接载入了，不是错误信息。

R中： package 'GO.db' was built before R 2.10.0: please re-install it.如何解决

这个应该是更新了R之后会出现吧。推荐方法：在RStudio里更新一下所有R包，具体操作就运行一下下面这一行就行了：

update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)

要是不想更新所有R包（可能比较费时），也可以单独下载你需要的那个包：

install.package("GO.db")