R语言GO弦图 go分析r语言作图

[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle

查看GOplot内示例数据的格式，对自己的数据做处理

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观察结论：

观察自己的两个数据表：

table.legend 设置为T时会显示表格

本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成，没有用R中的拼图包

R语言如何调整弦图label方向

Label1.Font="宋体" Label1.FontSize=20 Label1.ForeColor=vbRed 自己调节相应的值就可以了 那个颜色调节也可以这样 Label1.ForeColor=RGB(红色比例,绿色比例,蓝色比例) 三个比例数值在0-255间取值

【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在。

dotplot这个函数，多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道

同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

差异分析16-1

rm(list = ls())

load(file = "step2output.Rdata")

需要表达矩阵和Group，不需要改（固定四步操作）

为deg数据框添加几列

标记我想要标记的基因名

1.GO 富集分析----

(1)输入数据

(2)富集

(3)可视化

2.KEGG pathway analysis----

3.gsea作kegg和GO富集分析----

4.能看懂的资料越来越多----

GSEA学习更多：

富集分析学习更多：

弦图：

GOplot：

网上的资料和宝藏无穷无尽，学好R语言慢慢发掘~

AnnoProbe包拓展运用：三种函数

小洁老师自制r包，简化全过程16-3 12:00