如何使用seqLogo可视化motif

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seqLogo是一个bioconductor上的R包，专门用于DNA序列的motif可视化，网址如下

https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/seqLogo.html

因为功能的单一性，所以其用法也特别的简单，只需要输入motif对应的PPM矩阵就可以了，下面通过一个实际例子来看下

上图为一个motif的PFM矩阵，只需要通过以下几个步骤就可以得到对应的sequence logo。

1. 读取PFM矩阵

将PFM矩阵保存在一个文件pfm.txt中，内容如下

注意PFM矩阵中规定碱基顺序为ACGT, 不能任意调换碱基的顺序。通过R语言来读取，代码如下

data <- read.table("pfm.txt", header = F, sep = "\t", row.names = 1)

2. 生成PPM矩阵

PPM矩阵就是将PFM矩阵中的频数转化成频率，除以每列的总和就可以了, 代码如下

ppm <- sapply(1:ncol(data), function(t){ data[[t]] / sum(data[[t]]) })

ppm的内容如下

因为行的顺序统一为ACGT, 所以我们不需要设置行名称。

3. 绘图

基本用法如下

p <- makePWM(ppm)
seqLogo(p)

输出结果示意如下

相比其他工具，这个R包的功能较为单一，存在无法调整配色方案等问题，但是作为一个可视化工具，其足够简单，已经能满足基本要求。

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